ก่อนเสียกรุงศรีอยุธยา พระเจ้าอุทุมพรผนวชที่วัดนี้พร้อมด้วยมหาดเล็กชื่อนายหง โดยตั้งพระทัยว่าถ้าบ้านเมืองเกิดศึกจะออกไปช่วยรบ ต่อมาเมื่อทัพข้าศึกยกมาถึงตำบลภูเขาทอง นายหงลาสิกขาก่อนออกรบและแตกพ่ายไปเข้ากับพระยาตาก (สิน) เมื่อกู้อิสรภาพแล้วต่อมาได้รับพระราชทานเป็นพระยาเพชรพิชัยจนต่อสมัย กรุงรัตนโกสินทร์ บุตรของพระยาเพชรพิชัยที่รับราชการต่อมาก็เป็นพระยาเพชรพิชัยสืบมา จนสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่๕) ภริยาพระยาเพชรพิชัยตามเสด็จมาที่วัดเกิดศรัทธาจึงบูรณะวัดขึ้น ในสมัยที่พระครูธรรมิกาจารคุณ (ฟัก) เป็นเจ้าอาวาส โดยบูรณะพระอุโบสถและพระวิหารใหม่และจะขอพระราชทานเป็นพระอารามหลวง แต่ยังไม่เสร็จเรียบร้อยดีสวรรคตก่อน มีสถานที่ตั้งเครื่องรับเสด็จและบ่อน้ำโบราณศักดิ์สิทธิ์ของวัด ประมาณปี๒๔๘๔ พระอุโบสถเดิมพระประธานเป็นศิลปสมัยรัตนโกสินทร์เป็นพระพุทธรูปปูนปั้นปิดทอง ผนังด้านตะวันออกเขียนเป็นภาพพุทธประวัติโดยนายช่างแข ก่อนจะทรุดตัวลง

หลังคาได้ทรุดลงมาก่อนทางวัดได้มุงสังกระสีไว้ ยังไม่ทันบูรณะผนังพระอุโบสถก็ทรุดพังลง ทางวัดเตรียมการจะบูรณะ แต่ทางกรมศิลปากรได้เข้ามาซ่อมแทน เดิมเขตกฎีสงฆ์ที่เป็นเขตสังฆาวาสนั้นอยู่หลังพระอุโบสถติดกับศาลพระเจ้าธรรมิกราช สมัยที่นายปรีดีพนมยงค์สร้างวัดพนมยงค์นั้น เริ่มทำการบูรณะพระวิหารมงคลบพิตรแล้วจะนำช่างชุดเดียวกันมาบูรณะ วัดธรรมิกราชต่อ แต่มีเหตุการณ์ทางการเมืองเกิดขึ้น ต่อมาสมัยจอมพลแปลกพิบูลสงคราม เป็นนายก ฯ ได้มาสร้างกำแพงวัดปูพื้นพระวิหารพระนอนและกุฏิสงฆ์ ยังไม่แล้วเสร็จก็เกิดเหตุทางการเมืองขึ้นอีกจนกรมศิลปากรเข้ามาดำเนินการต่อ

เศียรพระพุทธรูปหล่อสำฤทธิ์เป็นศิลปะสมัยอู่ทอง เดิมอยู่ในวิหารหลวงมีความศักดิ์สิทธิ์มาก กล่าวว่าผู้ใดเป็นคดีความกันมาสาบานต่อหน้าพระพักตร์คนผิดต้องตายหรือมีอันเป็นไปทุกคนเป็นที่กล่าวขานกันมาก สมัยที่พระยาโบราณราชธานินทร์ เป็นสมุหเทศาภิบาลมณฑลกรุงเก่า จัดตั้งพิพิธภัณฑ์ในพระราชวังจันทรเกษม ได้นำเศียรพระพุทธรูปนี้ไป ต่อมากรมศิลปากรจึงนำไปไว้ที่พิพิธภัณฑ์เจ้าสามพระยา ความศักดิ์สิทธิ์จึงคลายไป